يعد برنامج فصول موهبة الذي تنفذه الإدارة العامة للشراكة مع المدارس واحداً من أهم البرامج التي أقرتها موهبة ضمن خطتها لتحقيق رؤيتها الاستراتيجية حتى عام 2023 .

وتستهدف عدداً من المدارس الحكومية والأهلية ذات المواصفات المتميزة من حيث المناهج المقدمة، وطرق التدريس، وأساليب التقويم، وأساليب التعلم، وتأهيل المعلمين وتدريبهم، والتجهيزات والمباني، والبيئة الصفية والمدرسية بشكل عام، وجودة المخرجات ومنجزات الطلاب. وقد تم عقد مذكرات تعاون بين المدارس المستهدفة وموهبة، بالتعاون مع أفضل بيوت الخبرة التربوية والتعليمية الدولية لتنفيذ برنامج الشراكة مع المدارس. وقد تزامن  تطبيق هذا البرنامج فعليا مع بدء الدراسة في مدارس الشراكة في بداية العام الدراسي 2010/2009هـ في الصفوف الرابع الابتدائي، والأول المتوسط، والأول الثانوي، وتكاملت الآن الصفوف الأخرى من الرابع الابتدائي وحتى الثالث الثانوي .

​ 

• تقوم المدارس بترشيح عدد من طلابها الموهوبين عن طريق "نموذج ترشيح المعلم للطالب" والذي يعبأ من قبل معلمي الطلبة في مدارسهم، وفي حال إجماع ثلاثة معلمين على امتلاك الطالب لمعظم سمات الموهوبين يرشح لأداء اختبارات قياس .

• أيضا يمكن للطالب أو ولي أمره ترشيح نفسه عبر نموذج طلب المشاركة في البرنامج الوطني للكشف الموهوبين . يقوم الطلبة المرشحين من مدارسهم او الترشيح الذاتي بإجراء "اختبار القدرات العقلية المتعددة" في مواعيد وأماكن محددة .

• وبعد إعلان القوائم النهائية بأسماء الطلبة الموهوبين يتم دخولهم إلى نظام التوزيع لاختيار المدارس التي يرغبونها ضمن مجموعة مدارس البرنامج.

يحق لموهبة تقديم الدعم المادي لبعض الطلبة محدودي الدخل وفق آلياتها المعتمدة.

• عدد من المدارس المختارة في المدن المستهدفة (وسوف يتم تزويد ولي الأمر بأسماء هذه المدارس في حالة اختيار ابنه أو ابنته).

• المركز الوطني للقياس والتقويم (قياس).

المناهج التي يقوم الطلبة بدراستها هي مناهج متقدمة في مواد الرياضيات والعلوم، بالإضافة إلى مناهج وزارة التعليم.